真空闪蒸器的操作压力设定需以物料的沸点特性为依据，根据目标分离组分的沸点，设定对应的真空度，使操作压力低于物料中目标组分的饱和蒸气压，维护目标组分能快速汽化，实现气液分离。
其次要结合工艺目标设定操作压力，若需提高轻组分的汽化率，可适当降低操作压力，增强闪蒸效果；若需控制物料过度汽化，可适度提高操作压力，平衡分离效率与物料损耗。同时考虑设备的耐压性能，设定的操作压力需在设备的设计承压范围内，避免超压运行引发安全隐患。
操作压力的设定需兼顾能耗与效率，避免为追求过高的分离效果，设定过低的操作压力，导致真空系统能耗大幅增加，需在分离效果与能耗之间找到更佳平衡点。
